El Panteão Nacional ocupa la iglesia barroca de Santa Engrácia del siglo XVII en el barrio de Alfama de Lisboa, en el Campo de Santa Clara sobre el Tajo. Iniciada en 1682 según el diseño de João Antunes — el primer gran arquitecto barroco de Portugal — la planta es de cruz griega bajo una vasta cúpula central, revestida interior y exteriormente con los mármoles portugueses de colores que se convirtieron en seña de identidad de la escuela lisboeta de finales del siglo XVII. La parroquia original de Santa Engrácia en el mismo lugar había sido destruida por un vendaval en 1681, y la reconstrucción se concibió desde el principio como uno de los interiores barrocos más ambiciosos de Portugal.
La construcción duró un tiempo extraordinariamente largo. La cúpula permaneció inacabada durante los siglos XVIII, XIX y la mayor parte del XX, y la iglesia no se completó formalmente hasta 1966, doscientos ochenta y cuatro años después de su inicio. La lengua portuguesa conserva la memoria de esta demora en la expresión «obras de Santa Engrácia» — «obras de Santa Engrácia» — utilizada para describir cualquier proyecto que se prolonga indefinidamente. El decreto que convertía Santa Engrácia en Panteón Nacional se firmó en 1916, y los primeros enterramientos y cenotafios llegaron en los años inmediatamente posteriores. El edificio ha servido desde entonces como iglesia conmemorativa oficial de Portugal.
Los enterramientos y cenotafios son el corazón de la visita. El monumento vacío — un cenotafio — de Luís de Camões, el poeta épico portugués, se alza bajo la cúpula, a pesar de que sus restos reales se perdieron hace siglos. Los enterramientos reales incluyen a los escritores Almeida Garrett y Aquilino Ribeiro; la poeta Sophia de Mello Breyner Andresen; Manuel de Arriaga, el primer presidente electo de la República Portuguesa; el líder de la resistencia Humberto Delgado; la cantante de fado Amália Rodrigues, inhumada en 2001 en una ceremonia seguida por gran parte del país; y el futbolista Eusébio da Silva Ferreira, trasladado al Panteón en 2015 tras su muerte el año anterior.
Subiendo a las galerías superiores y saliendo a la terraza de la azotea, el edificio se convierte en uno de los grandes miradores de Lisboa. El panorama de 360° desde la base de la cúpula abarca los tejados de teja roja de Alfama, el estuario del Tajo, la terminal de cruceros, el Castillo de São Jorge al otro lado del valle, el Puente 25 de Abril y la estatua del Cristo Rei en la orilla opuesta. La cúpula alcanza aproximadamente ochenta metros en su punto más alto — modesta para los estándares de las catedrales europeas, pero lo suficientemente elevada sobre la ladera de Alfama para ofrecer una vista que pocos visitantes esperan desde el interior de una iglesia.